Si ya pagué el 25% al FNEE en el primer trimestre, ¿puedo aún cubrir el 65% con CAE?

Sí, siempre que el 35% restante se pague al FNEE en los otros tres trimestres y que, a 31 de diciembre, la obligación total del año esté completamente satisfecha. Lo ya pagado (ese 25%) no puede cubrirse con CAE a posteriori.